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紅白錦鯉皮膚轉錄組測序分析
史東杰; 胡金有; 王賽賽; 朱華; 張欣; 朱莉飛; 孫硯勝 北京市水產科學研究所國家淡水漁業工程技術研究中心/農業農村部都市農業(北方)重點實驗室/漁業生物技術北京市重點實驗室; 北京100097; 中國農業大學工學院; 北京100083
關鍵詞：紅白錦鯉 轉錄組 高通量測序 皮膚
摘要：為進一步開發紅白錦鯉Cyprinus carpio haematopterus膚色基因資源,采用Illumina PE150高通量測序技術對體長為(28.34±3.12)cm的紅白錦鯉的白色和紅色皮膚組織進行了轉錄組測序,獲得116.26 Gb Clean Date,并與Nr、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG等7個數據庫進行BLAST信息比對,共獲得10 476個注釋基因。結果表明:Nr數據庫注釋成功比例最高,為35.62%;通過功能、通路富集分析,差異基因富集在包括激動蛋白細胞骨架調節/黏著斑通路在內的132個代謝途徑;隨機選取9個差異基因進行qRT-PCR驗證發現,紅白錦鯉皮膚差異表達基因的表達趨勢與RNA-seq定量結果一致,表明轉錄組測序結果是可靠的。本研究中獲得的轉錄組數據可為今后觀賞魚膚色關鍵基因開發及功能分析等研究提供基礎數據。
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