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基于454 GS FLX高通量測(cè)序的南疆沙蜥微衛(wèi)星特征分析及其候選引物設(shè)計(jì)
關(guān)鍵詞：南疆沙蜥 基因組 微衛(wèi)星 分布 引物序列
摘要：南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我國(guó)特有的一種小型爬行動(dòng)物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量測(cè)序?qū)υ撐锓N基因組測(cè)序,獲得了55 909條高質(zhì)量序列。利用Krait搜索并初步統(tǒng)計(jì)和分析基因組微衛(wèi)星序列,共得到1~6個(gè)堿基重復(fù)類(lèi)型的完美型微衛(wèi)星12 109個(gè)。不同類(lèi)型微衛(wèi)星中,四堿基重復(fù)類(lèi)型數(shù)目最多,有4 037個(gè),約占總數(shù)的33.34%,其次是二堿基,約占總數(shù)的28.09%,再是三堿基、單堿基、五堿基和六堿基,分別約占總數(shù)的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。單堿基微衛(wèi)星中C最多,二堿基微衛(wèi)星中AC最多,三堿基、四堿基、五堿基和六堿基中最多的分別是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是數(shù)量最多的10種重復(fù)拷貝類(lèi)別。挑選部分三、四堿基重復(fù)類(lèi)型的微衛(wèi)星序列設(shè)計(jì)了100對(duì)可用于后續(xù)對(duì)南疆沙蜥微衛(wèi)星標(biāo)記開(kāi)發(fā)的候選引物。本研究開(kāi)啟了對(duì)南疆沙蜥基因組微衛(wèi)星特征的了解,為利用微衛(wèi)星標(biāo)記研究南疆沙蜥種群遺傳結(jié)構(gòu)奠定了基礎(chǔ)。
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