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以TMV為模式建立基于宏基因組學的植物病毒檢測方法
劉悅; 孔寶華; 王連春; 王崇德; 吳德喜; 謝瓊; 甘曉帆 云南農業大學植物保護學院; 省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室; 云南昆明650201; 玉溪師范學院資源環境學院; 云南玉溪653100
關鍵詞：宏基因組學 植物病毒 tmv 雙鏈rna 病毒類似顆粒
摘要：用感染煙草花葉病毒（TMV）的煙株做陽性對照，提取dsRNA，采用隨機引物擴增、高通量測序方法進行了序列分析。PCR產物宏基因組測序結果顯示：TMV的檢出頻率為99．84％；屬水平分類和豐度統計結果顯示：，Ib．bamovirus占99．913％，成功建立了以植物病毒dsRNA提取與高通量測序相結合的植物病毒探測方法。按照病毒類似顆粒提取的方法對感染TMV的煙株提取病毒類似顆粒，獲得TMV病毒粒子，從中提取RNA，應用TMV特異引物，進行RT—PCR，結果顯示：擴增產物序列與TMA序列同源性為99％。結果表明：用該病毒類似顆粒抽提方法能成功提取TMV病毒粒子及RNA，滿足宏基因組分析要求。應用本研究構建的dsRNA及病毒類似顆粒的方法，提取20個表現植物病毒病癥狀的植物樣本dsRNA與病毒類似顆粒的DNA，核酸檢測質量較好，成功檢測到10多種植物病毒。所構建的方法為宏基因組技術探測農業栽培區及非耕作區植物病毒種群與生態適應奠定了基礎。
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