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關鍵詞：東海帶魚 轉錄組 ssr snp 

摘要：本研究以東海帶魚轉錄組測序數據為基礎,采用MISA軟件進行SSR篩選,利用Samtools和GATK進行SNP篩選,并進行SSR和SNP的特征分析。結果共獲得SSR49311個,其中完整的微衛星共有44625個,復合型SSR數目為4687個。SSR片段長度11~374bp。重復長度小于20bp的序列,有30997條,其中長度在12~20bp的SSR為7523個,約占總數的29.35%,呈中等多態性,重復長度大于20bp長序列為13627個,約占總數的53.18%,呈較高多態性;共獲得SNP位點數876199個,其中顛換335218個,轉換540981個,轉換、顛換比例為1.61∶1。在非編碼區的SNP數量為578020個;在編碼區的SNP總數298179個,在編碼區的堿基轉換類型中C→T占比最高,為22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10對。研究結果可為今后帶魚的分子標記開發、遺傳連鎖圖譜構建以及種質資源保護等提供基礎數據。

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