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副溶血弧菌CalR蛋白結構與功能的生物信息學分析
關鍵詞：副溶血弧菌 vp0350 calr蛋白 生物信息學
摘要：目的探討副溶血弧菌VP0350基因編碼蛋白CalR的結構和功能。方法從NCBI GenBank數據庫中獲取VP0350基因及其編碼蛋白CalR序列;利用ExPASy服務器中的ProtParam及ProtScale預測CalR蛋白的一般理化性質及親疏水性;利用TMHMM Server v.2.0及SignalP 4.0 Server分析CalR蛋白的跨膜區及信號肽;利用SOPMA分析CalR蛋白的二級結構并利用Phyre 2 sever對其進行蛋白質三級結構同源模型構建;利用NCBI的CDD(Conserved Domain Database)數據庫,NetPhos 3.1Server及STRING 11.0對CalR蛋白的結構域,磷酸化位點和相互作用蛋白進行預測分析。結果副溶血弧菌VP0350基因編碼的CalR蛋白由319個氨基酸構成,相對分子質量為36.192 34×10~3,理論等電點(pI)為6.20,為不穩定的親水蛋白,無信號肽和跨膜螺旋區,二級結構中主要為α-螺旋,并成功構建三級結構模型。CalR蛋白具有1個保守結構域和多個磷酸化位點,并具有多個相互作用蛋白。結論生物信息學方法預測CalR蛋白為親水性蛋白,含有抗原表位區域,可為副溶血弧菌感染的表位疫苗研究提供參考依據。
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